Mnohdy je možné zprávu buď elektronicky podepsat nebo šifrovat - není možné obojí současně. Na první pohled se to může zdát jako omezení. Zamyslíme-li se však nad tím, pak ve většině případů je výhodnější zprávu elektronicky podepsat a výslednou zprávu (třeba i s elektronickým podpisem) šifrovat.
Důvod je prostý: Šifrování slouží jako ochrana zprávy při jejím přenosu. Kdežto elektronický podpis je důkaz, že zprávu opravdu vytvořil její odesilatel. Jelikož zprávy se většinou archivují, tak je výhodné archivovat zprávu i s jejím elektronickým podpisem.
Zpráva v sobě nese informace o tom jak je šifrována, jakým algoritmem je elektronicky podepsána atp. Tyto informace mohu být uloženy:
Úlohy, které mají dávkový charakter a jeich data je třeba při předávání mezi počítači chránit, se většinou řeší právě pomocí bezpečných zpráv, tj. v praxi pomocí PGP nebo S/MIME.
K dávkovému zpracování se často využívá i elektronická pošta. Programem vytvořená dávka se elektronicky podepíše, zašifruje a odešle elektronickou poštou příjemci. Na straně příjemce jí očekává program (robot), který zprávu dešifruje, verifikuje elektronický podpis a spustí příslušný program, který dávku zpracuje.
Přesto, že tento mechanismus je velice jednoduchý a velice snadno se např. v UNIXu i konfiguruje, tak je velmi mocným (i bezpečným) nástrojem, který posouvá význam elektronické pošty podstatně výše. Často se zde používá termín "bezpečná pošta". Tím se v praxi přeneseně však rozumí uživatelský program, který kromě odesílání a přijímání elektronické pošty umí zprávy navíc šifrovat/dešifrovat a podepisovat/verifikovat.